Основной лечебный фактор санатория сапропель. Это иловые отложения пресных водоемов с бесценным органоминеральным составом. Сапропель оказывает стойкий болеутоляющий, противовоспалительный и восстанавливающий эффект на суставы и костно-мышечный аппарат.
Отдыхающим в санатории Якты-Куль всегда отпускается свежая, а не бывшая в употреблении и регенерированная грязь. Это одно из ключевых преимуществ санатория.
Вторым преимуществом санатория является радоновое отделение. Якты-Куль единственный санаторий Республики Башкортостан с уникальной лабораторией, в которой радоновый концентрат для ванн можно регулировать (от 10*10-9 Ки до 120*10-9 Ки).
Во время принятия радоновых ванн поверхность тела получает энергетический душ из альфа-частиц. Они благотворно влияют на организм: ускоряют заживление и рассасывание в мышечной и костной ткани, улучшают работу сердца, нормализуют артериальное давление и циркуляцию крови в сердце и сосудах. Через 2 часа после процедуры радон полностью покидает организм и является совершенно безопасным для человека.
На Всероссийском форуме Здравница-2016 санаторий Якты-Куль награждён золотой медалью в номинации Лучшие технологии лечебно-профилактического применения лечебных грязей. Это одна из множества золотых и серебряных медалей, которых был удостоен Якты-Куль в разные годы.